В составе сточных вод, которые образуются на предприятиях данного типа, содержится достаточно много разных загрязнений, к примеру: механические и органические загрязнения, навоз животных, их шерсть, элементы кожи, остатки корма и много всего другого. Качественная очистка сточных вод, образующихся на животноводческих предприятиях — это очень важный этап, потому что от качества данной очистки зависит эффективность функционирования всего комплекса, а также эпидемиологическая и экологическая ситуация на окружающей животноводческий комплекс территории.

Очистку стоков с животноводческого комплекса можно разделить на 2 группы:

• производственные/ливневые/хозяйственно-бытовые стоки;
• навозные стоки. 

Каждая из перечисленных выше групп включает в себя несколько стадий очистки, которые идут поочередно в определенной последовательности. Очистка навозных стоков начинается с удаления загрязнений, которые не растворяются в жидкости. Во время данной стадии, стоки проходят через камеры-усреднители, внутри которых песок остается в специальных пескоуловителях, а более крупные загрязнения задерживаются с помощью решеток, после чего сточные воды перетекают в камеры для отстаивания.

Во время следующей стадии очистки происходит доочистка и обеззараживание ультрафиолетом. Очистка производственных, ливневых и хозяйственно-бытовых стоков начинается с механической очистки, во время которой из стоков удаляются все водонерастворимые элементы, для чего применяются флотационные установки и камеры-отстойники. Дальше стоки направляются в камеры, где происходит процесс их биологической очистки и обеззараживание. После такой очистки состав сточных вод в полной мере соответствует всем установленным нормативам, и после этого данная жидкость может быть использована повторно.